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華盛頓大學大衛·貝克團隊聯合新加坡國立大學提出文字條件化全原子蛋白質結構生成模型 Prompteina，用自然語言提示即可指定蛋白質的結構與功能特性。團隊同時建置了含 180 萬個結構、超 5000 萬條說明文字的 Prompteina-Data 資料集。在 18 項結構特性基準中 Prompteina 有 15 項領先基線，智慧體引導的結合體設計介面置信度比最強基線提高 14%；針對此前無已報導從頭設計結合體的 GM2A，90 個測試設計中有 9 個產生結合體。
Anthropic 公布其生物研究團隊藉助 Claude，繪製出細菌及其感染病毒來源 vault 粒子的首個三維結構；此前這類結構只在動物、植物等複雜細胞中已知。vault 粒子是細胞內最大的蛋白結構之一，1986 年被發現，功能至今仍不清楚；在更簡單的生命形式中找到它，可能更便於研究其在人體細胞中的作用。人工解析這類結構原本需要數週到數月，而該專案縮短到數天；不過 Claude 途中也犯了簡單錯誤，團隊與機器學習研究員合作加以修正。
Biohub、美國能源部（DOE）、NIH 與 Google DeepMind、Isomorphic Labs、Meta 等宣布共同投入 18 億美元，生成面向 AI 的開放生物學資料。其中 DOE 五年投入逾 5 億美元用於測量、建模與算力，NIH 協調此前超 5 億美元聯邦投資積累的生物醫學資料集，三家科技公司則向 2026 年 4 月啟動的 Virtual Biology Initiative 合計投入 3 億美元。
OpenAI 宣布收購 2022 年成立的 AI 生物製藥公司 Orchestra Bio，並將其團隊與技術整合進面向生命科學的 Rosalind 模型與工具。Orchestra 的平台用於協調藥物開發流程，其 CTO Andy Xu 畢業於北京大學與約翰斯·霍普金斯大學，曾在微軟工作近 19 年。同日，Anthropic 公布 Claude 在 64 小時內生成 318484 種蛋白質設計，其中 17 種達到結合蠍毒神經毒素的預設標準；
斯坦福 X-lab 與 SNAP 實驗室發布蛋白質設計框架 ProteoCraft，在獨立 AF2-IG 評估下嚴格通過率達 86.2%（181/210），明顯高於 BindCraft 的 49.5%。該框架把近似梯度提案、完整結構預測驗證與兩階段蒙特卡洛樹搜尋結合起來，既支援結合蛋白從頭設計，也能只改造指定區域。
由 18 家機構組成、2025 年 11 月啟動的 C-BRAIN 聯盟正與 NVIDIA 合作，用 AI 挖掘此前無法訪問的阿爾茨海默研究資料，並開源兩款科研智慧體。其中與勞倫斯伯克利國家實驗室共建的 OpenScientist 能半自主生成假設並完成分析，官方稱原本需數週到數月的工作幾分鐘即可完成，單次成本低於 10 美元；InsightEngine 則用文獻與知識圖譜逐條核對結論以減少幻覺。
2026 年 9 月 14 日《Nature》發表 5 家藥企合作研究：用超過 2 萬份未公開的蛋白質—小分子結構資料，以聯邦訓練改進 OpenFold3。在 1056 個留出結構測試中，新模型高精度預測超過一半，公開版 OpenFold3 約三分之一，兩項關鍵指標分別提升約 10% 和 11%。參與方為 AbbVie、Astex、BMS、強生與武田，資料無需外流；英國 OpenBind 專案獲最高 800 萬英鎊支援，計劃 5 年內建開放資料庫。
Google DeepMind 發布 SynthID Bio，一套面向 AI 生成生物設計的水印方法。官方稱這是全球首次能在不影響生物功能的前提下，把不可感知的簽名直接嵌入蛋白質序列。該技術屬於 SynthID 水印體系的新分支，具體覆蓋範圍、檢測方式與可用時間尚未公布。
研究者用 AI 蛋白設計工具，只保留兩類蛋白酶的催化核心、替換其餘全部結構，得到能把特定蛋白定向切成兩半的人工酶。天然肽鍵極為穩定，估計半衰期長達數百年，生物靠演化出的多種蛋白酶來催化其斷裂，這項工作是跳過自然演化過程直接重設計酶。團隊用它們切割與神經疾病相關的蛋白，驗證了有效性。
Anthropic 生物學研究團隊藉助 Claude 解析出噬菌體中原核細胞 vault 顆粒的首個三維結構，但這種顆粒的生物學功能仍未確定。該顆粒由 96 份同一種蛋白組裝而成（人類 vault 為 78 份），團隊還通過複製部分蛋白序列造出更大的顆粒。Claude 承擔了檢索蛋白資料庫、設計 DNA 建置體、最佳化分離方法和處理顯微資料等工作，使通常需 3 天的純化縮短到約 90 分鐘，首個結構模型在 34 小時後完成，而團隊估計原本需要數週。
OpenAI 發布文章，介紹用 AI agents 在複雜生物資料中尋找新線索。文章聚焦生物資料的複雜性與規模化分析，屬於 OpenAI 官方分享的研究方向。公開頁面未給出所用模型、資料集、合作方或具體發現數量，暫無可核實的實測結果。
10 月 21 日，OpenAI 聯合 PerturbAI 與 Scripps Research 公布：由新架構 GPT-Rosalind 驅動的數千個 AI 智慧體，在 32 分鐘內解析了約 772 萬行的小鼠全腦 CRISPR 擾動資料集，同類工作人類研究者需數月到一年。分散式叢集合計引用 700 餘篇文獻，而單智慧體受上下文視窗限制平均僅引用 11 篇；盲法專家比較中，75% 更偏好分散式報告。
OpenAI 於 10 月 20 日宣布收購成立四年的 AI 生物科技軟體創業公司 Orchestra Bio，交易金額未披露，該公司截至 2025 年累計融資約 2000 萬美元，投資方包括 Andreessen Horowitz、Atria 和 8VC。Orchestra 的 AI agent 用於協助生物科技公司處理藥物發現中的運營瑣事，例如跟蹤財務、協調臨床試驗排期；
Google DeepMind、Meta 與 AI 製藥公司 Isomorphic Labs 共同出資 3 億美元，投入由扎克伯格夫婦創立的非營利生物醫學機構 Biohub 牽頭的“虛擬細胞”專案。該專案屬於總額 18 億美元的“Virtual Biology”計劃，目標是建置可供 AI 使用的生物資料集與高精度預測模型，讓研究者能以數字化方式提出、預測並回答生物學問題，用於對抗疾病。Biohub 成立於 2016 年，長期以預測模型推動疾病防治研究。
2026 年 10 月 20 日，OpenAI 宣布收購藥物研發協作平台 Orchestra Bio，其團隊與技術將併入面向生命科學研究的 Rosalind（含 GPT-Rosalind 與 Rosalind Workbench）。Orchestra 的平台讓人與 AI agent 共同推進藥物專案：例如某批生產失敗時，agent 定位受影響的試驗與時間線、彙集資訊並比較應對方案。
Google DeepMind 的 Pushmeet Kohli 與 Biohub 的 Sal Candido 在對談中表示，AlphaFold 的突破只是開始，蛋白質摺疊問題遠未解決。兩人認為僅擴大算力與資料不足以解決生物學問題，關鍵是先找到合適的 scaling law，低品質宏基因組資料也能提升蛋白質語言模型；建置虛擬細胞需要根本不同的資料集，研究須從單個蛋白質走向整個生物系統，治癒所有疾病要靠 10x 級突破而非漸進改進。
AI 科研平台 Open-Science 由 AIPOCH 以 Apache License 2.0 開源發布，同時推出 .science 軟體包格式。.science 把選定的對話分支、檔案版本、Notebook 記錄與驗證證據整合成一個可移植檔案，可分享、遷移到另一臺機器，或作為只讀記錄匯入評審，相容 RO-Crate 標準，資料預設本地儲存，不會自動執行程式碼或恢復憑據。
Periodic Labs 聯合創始人 Liam Fedus 與 Ekin Dogus Cubuk 在一檔播客中介紹了其「合成超級智慧」構想：以真實物理實驗作為強化學習環境，訓練能自主發現新材料的 AI 科學家。這家成立一年的公司正搭建自動化實驗室，希望讓每臺儀器擁有「140 IQ」，並用做科學的完整過程而非僅論文結果來訓練模型。他們認為失敗的實驗可能是最有價值的訓練資料，自主實驗可把數十年的試錯壓縮到數月，目標材料涵蓋室溫超導、磁體與電池。
斯坦福團隊 9 月 17 日在 Science 發表 Virtual Biotech：由虛擬首席科學官統籌 8 個專業科學家智慧體、2 個支援智慧體，並通過自建 MCP 伺服器接入 100 多種分析工具與 ClinicalTrials.gov 等資料庫。系統用約 6 小時並行完成 37,075 項 II／III 期臨床試驗的結構化提取，比單智慧體估算快約 184 倍，並復盤了因中期無效而終止的 OSMRβ 潰瘍性結腸炎 II 期試驗。
OpenAI 宣布收購 Orchestra Bio，這是一個幫助生物製藥團隊協調藥物研發複雜流程的平台。收購後雙方將以 OpenAI 面向生命科學研究的 Rosalind 模型與工具為基礎，簡化這些運營環節，讓新療法更快到達患者；Orchestra Bio 創始人 Ashokaraj 及團隊一同加入。
Google DeepMind 10 月 15 日發布技術演示，展示用 AI 開發平台 Google Antigravity 的智慧體尋找抗菌肽：從 UniProt 數百萬條序列出發，經 ProtNLM 功能預測與序列、AlphaFold 結構、基因組鄰域三類證據篩選，找到一種 97 個胺基酸的乳酸菌素 972 家族細菌素候選（UniProt A0A0U0D591），已進入溼實驗驗證。
OpenAI 發布 GPT-Rosalind，用於幫助科研人員跨科學文獻與生物資料進行推理，由科學家提供專業判斷來評估證據。符合條件的實驗室可獲最多 12 個月的 OpenAI 工具贊助訪問，其中 GPT-Rosalind 需通過可信訪問審批。通過 Rosalind Academic Plan 共享的研究資料預設不用於訓練模型。
Google DeepMind 發布了一套可快速驗證生物設計是否內建安全防護的工具，並以開放形式供研究使用。該工具面向科研人員，目的是在 AI 加速科學發現的同時不拖慢關鍵研究進度。官方未披露具體工具名稱、技術細節與適用限制。